Trong bài báo năm 2003[2], F. Santini và J. C. Tyler đã phân chia bộ Cá nóc thành các phân bộ, siêu họ và họ như sau:

BỘ Tetraodontiformes

• † Phân bộ Plectocretacicoidei
  • † Siêu họ Plectocretacicoidea
    • † Họ Cretatriacanthidae Tyler & Sorbini, 1996
    • † Họ Plectocretacicidae Tyler & Sorbini, 1996
    • † Họ Protriacanthidae Tyler & Sorbini, 1996
• Phân bộ Triacanthodoidei
  • Siêu họ Triacanthodoidea
    • Họ Triacanthodidae Gill, 1862
      • Phân họ Hollardinae Tyler, 1968
      • Phân họ Triacanthodinae Gill, 1862
• Phân bộ Balistoidei (Sclerodermi)
  • Siêu họ Triacanthoidea
    • Họ Triacanthidae Bleeker, 1859 — họ Cá nóc ba gai
      • † Phân họ Protacanthodinae Tyler, 1968
      • Phân họ Triacanthinae Bleeker, 1859
  • † Siêu họ Moclaybalistoidea
    • † Họ Moclaybalistidae Santini & Tyler, 2003
  • † Siêu họ Bolcabalistoidea
    • † Họ Bolcabalistidae Tyler & Sorbini, 1998
    • † Họ Eospinidae Santini & Tyler, 2003
  • Siêu họ Balistoidea
    • Họ Balistidae Rafinesque, 1810 — họ Cá nóc gai
    • Họ Monacanthidae Nardo, 1842 — họ Cá bò giấy
  • Siêu họ Ostracioidea
    • † Họ Spinacanthidae Tyler, 1968
    • † Họ Protobalistidae Gill, 1888
    • Họ Aracanidae Hollard, 1860
    • Họ Ostraciidae Rafinesque, 1810 — họ Cá nóc hòm
• Phân bộ Tetraodontoidei (Gymnodontes)
  • † Siêu họ Eoplectoidea
    • † Họ Eoplectidae Tyler, 1973
  • Siêu họ Triodontoidea
    • Họ Triodontidae Bleeker, 1859 — họ Cá nóc ba răng
  • Siêu họ Tetraodontoidea
    • Họ Tetraodontidae Bonaparte, 1832 — họ Cá nóc
    • Họ Diodontidae Bonaparte, 1838 — họ Cá nóc nhím
  • Siêu họ Moloidea
    • Họ Molidae Ranzani, 1837 — họ Cá mặt trăng

Năm 2016 người ta công bố 2 loài hóa thạch mới là Balkaria histiopterygia, được coi là thành viên duy nhất của họ †Balkariidae và có quan hệ họ hàng gần với Tetraodontoidei[5] và Ctenoplectus williamsi có quan hệ chị-em với Triodontidae[6]